蔡元培缘何奉行素食，在他的《自写年谱》中说得很明确：“我那时候也是素食，这是民元前二年莱比锡受李君感化的。”李君，指的是李石曾，他于1902年赴法国留学，1907年成立“远东生物化学学会”，首次用化学方法分析出大豆的营养成分与牛奶相仿，在法国成立第一家“豆腐公司”，开办“中华饭店”，被称为“豆腐博士”。
1909年，与蔡元培一起在德国莱比锡大学留学的齐寿山，应李石曾邀请赴法一游。齐寿山回来后告诉蔡元培说，李石曾素食，并说动物死亡时全身僵直，体内会产生毒素，经常食用会使人中毒。蔡元培听后觉得有理，也回想起在托尔斯泰的作品中“一只精心饲养的粉红色的猪被屠杀”的惨状描写，深受触动，于是萌发素食的念头。
蔡元培不仅自己素食，还在担任北京大学校长期间在师生中倡导素食。蔡元培在北大倡导发起组织北大“进德会”，1918年1月19日《北京大学日刊》刊登的《北大进德会旨趣书》中，指出会员修身的最高等级是“八不”：不嫖、不赌、不纳妾、不作官吏、不作议员、不吸烟、不饮酒、不食肉。
1921年，蔡元培因腿病不能行走，医生觉得病时素食不易调理，劝他恢复肉食。蔡元培在《自写年谱》中云：“(我)素食十二年，至民元(国)十年，在北京因足疾被医生劝告而又食肉，深愧不如李君(即李石曾)的坚定”。
